自開展創新工程以來，研究所通過系統梳理、歸并整合、適時調整等過程，強化學科建設，優化科研資源配置，建立了6大學科領域14個創新團隊，推動形成了結構合理、特色顯著、優勢突出的學科布局，現有的學科領域和研究方向（詳見下表）與《中國農業科學院學科設置簡表（2018版）》中相關學科設置布局保持一致，符合國家農業資源環境領域科技發展需求。
|
學科集群 |
學科領域 |
重點方向 |
|
農業資源與環境科學 |
植物營養與肥料學 |
植物營養 |
|
肥料及施肥技術 |
||
|
農業土壤學 |
土壤培肥與改良 |
|
|
土壤植物互作 |
||
|
耕地質量監測與保育 |
||
|
土壤耕作與種植制度 |
||
|
農業環境學 |
碳氮循環與面源污染 |
|
|
農業區域發展與管理 |
農業布局與區域發展 |
|
|
農業資源利用與區劃 |
||
|
農業微生物學 |
食用菌遺傳育種與栽培 |
|
|
微生物資源收集、保藏與發掘利用 |
||
|
農業信息與經濟科學 |
智慧農業 |
農業遙感 |
|
草地生態遙感 |
||
|
智慧農業 |
